2023 年 Galaxy 社区大会会议报告
作者：Natalie Whitaker
编译：沈维燕
时间：2023-08-14
原文：2023 Galaxy Community Conference Meeting Report
GCC 2023 会议纪要¶
概述¶
2023 年 Galaxy 社区会议（GCC2023）于7月10日至16日在澳大利亚昆士兰州布里斯班昆士兰科技大学举行。GCC 是 Galaxy 社区的年度会议，这是一个旨在在科学和技术层面展示过去一年内在 Galaxy 研究领域做出的令人惊叹的新工作，同时为与会者提供发现合作机会、加强联系、并开辟新的研究方向的大会。 GCC2023 由 Galaxy Australia 和 Australian BioCommons 主办，为期四天，包括了演讲、研讨会/培训、海报和演示等活动，还有三位主题演讲嘉宾和三天的协作节 (CoFest)。除了会议内容，整个 Galaxy 社区会议周还会举办网络交流和社交活动。总体而言，GCC2023 包括了 12.8 小时的长短演讲、37.5 小时的培训、3.3 小时的海报展示和演示，以及 10.6 小时的社交活动和交流。
GCC2023 共有 91 名现场参会者和 40 名虚拟参会者。来自 21 个不同国家的与会者出席了本次会议：澳大利亚、比利时、巴西、加拿大、捷克、丹麦、法国、德国、印度、爱尔兰、马耳他、摩洛哥、荷兰、新西兰、挪威、新加坡、韩国、斯里兰卡、瑞士、英国和美国（图1）。在总参会人数中，22.4% 是研究助理或技术人员，17.6% 是高级科学家或首席调查员，9.6% 是研究生，7.2% 是博士后，2.4% 是本科生，40% 是其他身份。
Figure 1. Map of GCC2023 attendees’ countries of origin.
奖学金获得者¶
GCC2023 非常感谢能够利用一位匿名捐赠者的资金提供现场和虚拟参会的奖学金。作为奖学金的一部分，受奖者被要求通过演讲、海报或二者兼有的方式参与会议。
今年，一个现场奖学金授予了英国开放大学的一年级博士生 Marisa Loach（Twitter: @Marisa_Loach）。Marisa 进行了一次题为 “为什么使用 Galaxy？用户友好的生物信息学选项的初步结果” 的演讲并展示了一份海报。
GCC2023共颁发了六个虚拟奖学金。以下列出了每位受奖者及其角色、机构和对会议的贡献。
Coline Royaux¶
Twitter: @ColineRoyaux
研究生 (Graduate student)
巴黎索邦大学，法国自然历史博物馆，法国 (Sorbonne University, French Natural History Museum, France)
演讲标题 “Galaxy-E：基于生态学的 Galaxy 倡议，2022-2023 年更新！”
Vajiha Hussain¶
高年级本科生 (Senior undergraduate student)
印度维尼昂大学 (Vignan University, India)
海报标题 “利用 RNASeq 分析识别棕榈蓟马中潜在的 GBNV 生物标志物”
Sudeepti Kulshrestha¶
研究生 (Graduate student)
印度阿米蒂大学 (Amity University, India)
海报标题为“使用基于网络的方法探索 Vaginal Microbiome 和先兆子痫的关联”
Jonas Bucher¶
研究生 (Graduate student)
瑞士苏黎世联邦理工学院，苏黎世大学，瑞士 (Swiss Federal Institute of Technology in Zurich (ETH Zurich), University of Zurich, Switzerland)
海报标题 “Methylator - DNA cytosine methylation pipeline”
Katarzyna Kamieniecka¶
Twitter: @katemurat
研究生 (Graduate student)
英国布拉德福德大学 (University of Bradford, United Kingdom)
海报标题 “Galaxy 中的 FAIR 数据管理”
Taoufik Bensellak¶
研究生 (Graduate student)
英国利物浦大学 (University of Liverpool, United Kingdom)
海报标题 “用于微阵列数据分析的 Galaxy 实例和工具”
主讲嘉宾¶
GCC2023 邀请了三位主题演讲嘉宾，分别就野生动物保护、结构生物学和生物安全等领域分享了他们的思考和研究成果。演讲者展示了他们团队如何通过使用 Galaxy 平台，以更易获取和可复现的方式完成工作。
三位主题发言人分别发表了内容丰富的演讲，讨论了各自前瞻性研究领域的进展，重点关注开放存取端到端生物信息学 (open-access end-to-end bioinformatics)。Galaxy 在每位主题发言人的最新研究进展中都发挥了重要作用，Galaxy 开发人员和 Galaxy 社区能够亲眼目睹 Galaxy 对科学界的影响。此外，每位主题发言人都为 Galaxy 的未来提供了灵感，并有时间与平台发展轨迹背后的开发人员直接交流。
Carolyn Hogg, PhD (University of Sydney，悉尼大学)¶
来自悉尼大学的 Carolyn Hogg 博士作为第一位主讲人拉开了 GCC2023 的序幕。霍格博士在 “拯救塔斯马尼亚袋獾计划 (Save the Tasmanian Devil Program)” 进行的研究中发挥了重要作用，此外还重点研究了其他澳大利亚物种，如橙腹鹦鹉、考拉、兔耳袋狸和袋鼠。她在 GCC2023 上的演讲题为 “走向无限和超越：结合基因组学和云技术来拯救我们的物种”，强调了自然资源保护主义者和基因组科学家之间合作研究的必要性。她的愿景是通过改变科学、管理和政策的整合方式，为澳大利亚创造保护遗产，而 Galaxy 的使用增强了她的这一愿景。通过使用像 Galaxy 这样的开源平台，Hogg 博士能够产生可重复的基因组科学，以帮助澳大利亚的物种保护和管理实践。
Kate Michie, PhD (University of New South Wales，新南威尔士大学)¶
来自新南威尔士大学的 Kate Michie 博士作为 GCC2023 的第二位主讲人发表了题为 “Alphafold2 和深度学习时代：结构生物学的最新进展” 的演讲。 Michie 博士在蛋白质结构生物学方面拥有二十多年的经验，并广泛使用 Alphafold2，并与众多研究人员密切合作，教他们如何使用这一强大的工具来推进他们的研究。在她的主题演讲中，Michie 博士呼吁关注 Galaxy 为结构生物学研究进展做好准备的迫切需要，这些进展肯定会伴随 Alphafold2 的巨大成功。 Michie 博士的演讲对 GCC2023 来说是一个有影响力的补充，因为 Galaxy 致力于保持竞争力并领先于社区的巨大研究需求。
Roberto Barrero, PhD (Queensland University of Technology，昆士兰科技大学)¶
GCC2023 的最后一位主讲人是来自昆士兰科技大学的 Roberto Barrero 博士。巴雷罗博士的演讲题为 “通过更快、更准确地诊断植物病毒和类病毒，改善植物行业获得新遗传学的机会”，重点讨论利用生物信息学解决农业、植物生物安全和人类健康方面的现实问题。最近，Barrero 博士在开发植物诊断工具包方面发挥了重要作用，该工具包可以在一次测试中准确检测一系列病毒和类病毒，并于 2018 年向他和他的团队授予生物安全影响奖。Barrero 博士的研究进展得到了 Galaxy 的支持通过 GA-VirReport 和高通量测序技术。访问开放式端到端生物信息学工作流程对于诊断植物病毒和类病毒至关重要，Galaxy 很高兴能在 GCC2023 上将这一主题置于前沿。
培训课程¶
培训是 Galaxy 社区的首要任务。让研究人员能够轻松学习使用该平台、如何进行新的分析或探索能够解决研究人员面临的实际需求的功能和工具，对于 Galaxy 的发展和可持续发展发挥了重要作用。本着这种精神，在 GCC2023 的三天里，共举办了 15 场不同的培训课程，供与会者与专家一起学习和实践生物信息学。专家包括主要研究员、Galaxy 开发人员、项目经理和 Galaxy 高级用户。培训课程主题多种多样，为 GCC2023 的所有与会者提供相关且实用的学习机会。从微生物学和人类遗传学到工作流程和工具开发，GCC2023 培训课程提供了扩大与会者特定研究兴趣和遇到新主题的机会。
每节课将近三个小时，让学员有时间充分沉浸在教材中，与培训师和其他学员交流，并与来自不同背景的人交流经验和方法。
Birds of a Feather (BoF)¶
Birds of a Feather (BoF) 会议是 GCC 期间的非正式聚会，参与者可以讨论感兴趣的话题。 BoF 每天在会议结束时举行，各小组分成焦点小组，与专家和其他与会者进行交流和讨论。
GCC2023 期间，与会者有九种不同的机会参加 BoF。今年的 BoF 提出了各种主题，包括备受期待的 Galaxy 高级用户与开发人员对话的机会。此外，BoF 还提供了举办迷你社交活动的机会，例如棋盘游戏、串酒吧和澳大利亚布里斯班徒步之旅！
CoFest¶
GCC2023 主会之后，举办了为期三天的协作节（CoFest）。 CoFest 是 Galaxy 成员的社区聚会，这些成员有兴趣为 Galaxy 的工具集、文档、培训材料、代码库以及扩展 Galaxy 生态系统的其他任何地方做出贡献。 CoFest 的目标是：
- 扩大贡献者社区。这次 CoFest 的首要目的是欢迎新的贡献者，帮助您学习资源并结识能够帮助您做出贡献的人。
- 扩大 Galaxy 生态系统。不仅仅是代码，而是整个生态系统。这包括培训、工具、最佳实践工作流程、文档、测试用例、翻译、基础设施，甚至代码。
CoFest 的参与者围绕着共同的兴趣，讨论与这些兴趣相关的共同话题。这些群组在 CoFest 开始前、开始时和整个过程中形成，旨在相互之间保持流动和高度互动。今年的 CoFest 分为九大主题：前端、后端、社区、设计、工具、工作流程、培训、测试和辅助项目。由于 CoFest 在整个活动期间都在不断变化和构建，因此主题被进一步细分，重点关注以下主题：交互式工具；升级 Vue3 和上传功能；吸引和保留社区参与活动、管理和领导力；ChatGXY；实施 Galaxy 工具健康审计服务；以及 Simon 的数据俱乐部。
社会事件¶
GCC2023 希望将 Galaxy 社区的成员联系在一起，因此在整个会议期间举办了不同的社交活动。今年的 GCC2023 社交活动包括为会议拉开序幕的欢迎晚宴、由 Galaxy 社区成员主持的布里斯班徒步游、带有街机游戏的酒馆爬行、桌游之夜、会议晚宴，以及广受好评的 Lone Pine 考拉保护区之行！
毫无疑问，Lone Pine 考拉保护区是今年社交活动的亮点！一大群 GCC2023 与会者参观了世界上最大的考拉保护区，度过了一个下午，与动物邂逅、野生动物表演，并了解一些澳大利亚最受欢迎的野生动物！
通过这些有组织的社交活动，Galaxy 社区的成员们在建立职业关系的同时，也建立了友谊。此外，许多社区成员还通过非组织活动，包括游览植物园、参观动物园医院和热带雨林，以及一日游等，彼此建立联系。
请参阅附录一，了解今年社交活动的更多照片以及遇到的所有令人惊叹的澳大利亚动物！
纪念 Simon Gladman¶
Simon 数据俱乐部¶
Simon Gladman 是 GCC2023 的最初发起者和组织者，如果看到他的伴侣和孩子参加这次会议，他一定会感到非常自豪。Simon 获得了多项荣誉，他作为创新者、榜样、支持者和社区联系者的遗产将继续受到表彰，“星际数据委员会 (Intergalactic Data Commission)” 更名为 “Simon 数据俱乐部 (Simon’s Data Club)”，并在他的组织中获得年度奖项。姓名。
Simon Gladman 旅行补助金¶
已故西蒙·格拉德曼 (Simon Gladman) 对 Galaxy 的贡献将获得以他名字命名的年度奖项。 Galaxy Australia 才华横溢的技术主管和大家的伙伴 Simon 在 GCC2023 上受到了人们的深深怀念，人们对他表示了许多敬意。
Simon 对 Galaxy 充满热情并与人交流，并且很高兴能够组织在澳大利亚举办的首届国际 Galaxy 社区会议 (GCC)。在 GCC2023 上，我们宣布了首届 Simon Gladman 旅行补助金，以此来庆祝他。每年将向参加 Galaxy 社区活动的澳大利亚公民颁发 5,000 澳元的补助金。
如果您与 Simon 一样充满热情并希望为 Galaxy 做出贡献，我们鼓励您申请 Simon Gladman 旅行补助金。
感言¶
Galaxy 执行董事会成员 Michael Schatz 是约翰·霍普金斯大学计算机科学和生物学的彭博杰出教授，他很高兴地看到：
“The keynotes really highlighted how Galaxy enables cutting edge science.” “主题演讲真正强调了 Galaxy 如何实现尖端科学。”
来自 BioCommons、昆士兰网络基础设施基金会 (QCIF)、昆士兰大学、墨尔本生物信息学和 AARNet 的 Galaxy Australia 团队成员发表了从监测工具健康状况到开发最近发布的 Galaxy Australia 基因组实验室等主题。澳大利亚银河服务项目负责人 Gareth Price 博士表示：
“There was a fantastic exchange between our team and international colleagues and wonderful opportunities to engage with the global Galaxy community. GCC was an exhilarating experience, and it was inspiring to be surrounded by like-minded people. The team left full of energy to keep improving Galaxy Australia and strengthen their collaborations with the wider Galaxy community.” “我们的团队与国际同事之间进行了精彩的交流，并有绝佳的机会与全球 Galaxy 社区互动。 GCC 是一次令人兴奋的经历，周围都是志趣相投的人，这很鼓舞人心。该团队充满活力地继续改进 Galaxy Australia，并加强与更广泛的 Galaxy 社区的合作。”
虽然我们是在昆士兰科技大学 (QUT) 的 The Cube 一流设施中举办的，但远程参与的能力是举办真正国际会议的关键因素。尽管 Amrita 大学系统基因组学首席科学家 Prash Suravajhala 博士是 GCC2023 组委会成员，但他无法从印度出发，但他：
“Very excited and happy to be a part of GCC2023 virtually. We witnessed scintillating talks and brainstorming sessions, and the virtual attendance was a treat. This was a cherishing moment for me as I guzzled the talks from early morning India time! It has created a great camaraderie.” “能够以虚拟方式参加 GCC2023 感到非常兴奋和高兴。我们目睹了精彩的演讲和头脑风暴会议，虚拟出席是一种享受。这对我来说是一个珍贵的时刻，因为我沉迷于印度时间清晨的演讲！它创造了伟大的友情。”
Recognition¶
特别感谢 GCC2023 的赞助商：
白金赞助商¶
BizData (https://www.bizdata.com.au/)
银牌赞助商¶
Limagrain (https://www.limagrain.com/en)
GalaxyWorks (https://galaxyworks.io/)
铜牌赞助商¶
GIGA Science (https://academic.oup.com/gigascience?login=false)
非常感谢所有使 GCC2023 取得成功的个人：
组织和科学委员会¶
Andrew Lonie
Christina Hall
Enis Afgan
Gareth Price
Jenn Vessio
Margita Jadan
Prash Suravajhala
Roberto Barrero Gumiel
Ross Lazarus
Assunta DeSanto
Natalie Whitaker
Simon Gladman
Claudia Melogno de Sandoval
培训协调员¶
Assunta DeSanto
Igor Makunin
Mark Crowe
在线支持¶
Melissa Burke
Patrick Capon
科学计划成员¶
Andrew Lonie
Anne Claire Fouilloux
Anna Syme
Anshu Bhardwaj
Bérénice Batut
Bryan Raubenolt
Cameron Hyde
Catherine Bromhead
Clare Sloggett
Cristóbal Gallardo
Dan Blankenberg
Davor Davidović
Enis Afgan
Frederik Coppens
Hans-Rudolf Hotz
Ivan Jakovlić
Jeremy Goecks
Justin Lee
Margita Jadan
Maria Doyle
Matthias Bernt
Natalie Kucher
Nicola Soranzo
Nuwan Goonasekera
Peter van Heusden
Ralf Weber
Ross Lazarus
Soyean Kim
Thomas Harrop
Timothy Griffin
Tyler Collins
Wendi Bacon
Yvan Le Bras
联合节主办方¶
Cameron Hyde
附录一¶
