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Bioconductor 西湖大学镜像无法下载安装 R 包

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。

版本说明

由于 Bioconductor 的 rsync 上游会自行删除非最新的版本，大部分镜像站仅提供 Bioconductor 的当前最新版本和开发版本，只有少量镜像站点会保留过时的版本。目前已知西湖大学镜像站提供了历史版本的镜像。

详细讨论参见 tuna/issues#1969。

问题

先看一下问题，在 R 里面直接配置配置西湖大学的 bioconductor 镜像站，执行 BiocManager::install 包安装提示 “cannot open URL”。 

> options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
> BiocManager::install("ChAMP")
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/bioc/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/bioc/src/contrib/PACKAGES'
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/data/annotation/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/data/annotation/src/contrib/PACKAGES'
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/data/experiment/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/workflows/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/workflows/src/contrib/PACKAGES'
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/books/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.18/books/src/contrib/PACKAGES'
Bioconductor version 3.18 (BiocManager 1.30.22), R 4.3.0 (2023-04-21)
Installing package(s) 'ChAMP'

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用 Docker 来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题

LinearDesign 介绍

LinearDesign 是一款用于优化 mRNA 设计的软件，旨在提高 mRNA 的稳定性和免疫原性。该项目由 He Zhang、Liang Zhang、Ang Lin 等研究人员开发，并已在 Nature杂志上发表相关研究成果。LinearDesign 通过算法优化 mRNA 序列，使其在保持高翻译效率的同时，具有更好的结构稳定性。

GitHub 地址：https://github.com/LinearDesignSoftware/LinearDesign

项目快速启动

确保你的系统满足以下依赖要求：
- Clang 11.0.0 或更高版本，或 GCC 4.8.5 或更高版本
- Python 2.7
- GLIBC≥2.29

glibc (GNU C Library) 是 GNU 发布的 C 标准运行库，是 Linux 系统中最底层、最核心的 API，几乎所有应用软件都依赖它。它主要负责封装 Linux 内核系统调用，并提供内存管理、字符串操作、文件操作等标准函数。

在 Ubuntu 18.04.6 LTS 中，GLIBC 最高只有 2.27，在不升级系统更新 GLIBC 风险太大，因此可以考虑用 Docker 的方式来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题。

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Python 包和项目管理工具 UV 安装与更新

uv 有人评价是近十年来 Python 生态出现的最好东西，它彻底改变了 Python 的安装和使用方式，尤其在快速解决依赖冲突（这对大型项目至关重要）方面，速度快得惊人。作为一个由 Astral 开发，用 Rust 编写，几乎可以在任何操作系统或平台上运行的免费的开源工具，个人在越来越多的开源模型、项目中都能看到它的身影，uv 似乎已经和 conda 成为了现在 Python 环境构建与管理的标配。

uv-fast
Installing Trio's dependencies with a warm cache.

官方文档 Installing uv 大多数都是先下载 install.sh，然后 sh install.sh 执行安装。

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一次发生在 GitHub 的 Trigger security scan 异常事件

2025年9月4日，早上起来看邮件时候，突然发现，邮箱一下子多了几百封 GitHub Actions 构建异常的邮件！

震惊紧张后，第一个反应就是，该不会是个人的 personal access token，或者密码泄露了，被人动态进行 commit 提交，以至于出现批量的 Actions 异常。于是，赶紧登录 GitHub 看一下到底发生了什么事。

首先，看到个人账号下基本每个 Public 仓库，甚至包括 organization 下个人创建的所有 Public 仓库，都出现了类似 “Trigger security scan” 的 commits 提交。 trigger-security-scan

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Vim 缩进插入删除使用技巧

在服务器环境下，Vim 因其高效、轻量、无需图形界面的特性，确实是开发者最常用的代码编辑工具之一。针对 vim 使用过程中最常遇到的一些操作技巧简单记录一下。

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git clone 设置临时代理

很多时候我们在国内使用 git 克隆，或者拉取、推送代码时总是显示连接不上，这时我们就需要设定 git 代理解决。

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R 语言中的 libpng 版本冲突

事情起因是在 R 语言中调用 png 包的 readPNG 读取 png 图片的时候，碰到了错误：libpng error: Incompatible libpng version in application and library。

> library(png)
> p1 = readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png")
Error in readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng error: Incompatible libpng version in application and library
In addition: Warning messages:
1: In readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng warning: Application was compiled with png.h from libpng-1.6.37
2: In readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng warning: Application  is  running with png.c from libpng-1.2.49
>

这个问题，其实在 《RamiGO 安装及库依赖解决备忘》曾经遇到过，当时的解决方法，在现在看起来其实是并不完善的。所以，在问题解决前，我们先来看看这个问题到底是怎么导致的。