折腾¶

2024年3月8日
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RockyLinux 9 基础配置与使用

今天终于在阿里云入手了一台 2核(vCPU)+ 2GiB + 3Mbps 的 ECS，安装了最新的 Rocky Linux release 9.3 (Blue Onyx)，记录一下开箱后的一些基础配置。

2024年1月9日
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苹果字体 PingFang SC 的一些踩坑记录

曾经在《为 Windows 系统替换优雅的苹果字体》中提到可在 Windows 中使用苹方字体替代默认的微软雅黑，这里就有一个问题即需要在 Wondows 下安装苹方字体 —— 如果你的字体安装错误，很有可能导致你的浏览器或其他应用出现乱码。

浏览器乱码

出现这个的原因主要是站点使用了 PingFang SC 的字体设置。

body {
    font-family: PingFang SC,microsoft yahei,sans-serif;
}

我们可以看到使用 F12 检查源码模式把 font-family 中的 PingFang SC 去掉后即可显示正常。

2023年12月1日
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Python3 编译安装 –with-openssl 无效的问题

很多人在使用 Python3 经常会遇到一些 openssl 版本太低从而导致包无法正常使用的问题，尤其是 urllib3 这个包。

Python 3.9.18 (main, Sep  7 2023, 14:32:17) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import requests
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/requests/__init__.py", line 43, in <module>
    import urllib3
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/urllib3/__init__.py", line 41, in <module>
    raise ImportError(
ImportError: urllib3 v2.0 only supports OpenSSL 1.1.1+, currently the 'ssl' module is compiled with 'OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017'. See: https://github.com/urllib3/urllib3/issues/2168
>>> import ssl
>>> import urllib3
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/urllib3/__init__.py", line 41, in <module>
    raise ImportError(
ImportError: urllib3 v2.0 only supports OpenSSL 1.1.1+, currently the 'ssl' module is compiled with 'OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017'. See: https://github.com/urllib3/urllib3/issues/2168

2023年11月30日
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Micro/Mamba 安装与注意事项

记录一下 Micromamba/Mamba 安装的步骤和注意事项。

Mamba 安装

Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。

全新安装

关于 mamba 的安装，官方推荐 Fresh install，即全新安装。

We recommend that you start with the Mambaforge distribution. Mambaforge comes with the popular conda-forge channel preconfigured, but you can modify the configuration to use any channel you like. Note that Anaconda channels are generally incompatible with conda-forge, so you should not mix them.
我们建议您从 Mambaforge 发行版开始。 Mambaforge 预配置了流行的 conda-forge 通道，但您可以修改配置以使用您喜欢的任何通道。请注意，Anaconda 通道通常与 conda-forge 不兼容，因此您不应混合使用它们。

2023年11月2日
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编程，作为生物信息学的一个基础性技能，是任何一个生信工程师都无法绕开话题。也许有些人还在纠结 Perl 和 Python 到底应该学习哪一个，但作为目前最火最流行的编程语言 Python 还是非常值得尝试的。它不但可以进行文本处理，在统计、网站、游戏、爬虫、数据可视化等方面也有非常强大的应用，比起曾经的 Perl 真的强大和全面很多，且比 Perl 更容易入手。不管从长远发展，还是短期需要，学会 Python，看懂 Perl (或者先学 Python，后学 Perl) 应该是每一个生信工程必备的基础技能之一。

工欲善其事，必先利其器。关于 Python 安装教程在网上一搜一大把，但总感觉不够全面，尤其对于中间出现的一些问题的解决方法不尽如人意。鉴于此，本文基于 CentOS/RHEL Linux 对 Python 的源码编译安装进行了一下简单的总结，记录如下。